因為客觀條件，任一光學系統都不能生成理論上理想的像，各種像差的存在影響了生物顯微鏡的成像質量。下面分別簡要介紹各種像差。

　　1、色差

　　色差是透鏡成像的一個嚴重缺陷，發生在多色光為光源的情況下，單色光不發生色差。白光由紅橙黃綠青藍紫七種組成，各種光的波長不同，所以在經過透鏡時的折射率也不同，這樣物方一個點，在像方則或許形成一個色斑。光學系統主要的功用就是消色差。

　　色差一般有方位色差，放大率色差。方位色差使像在任一方位觀察都帶有色斑或暈環，使像含糊不清。而放大率色差使像帶有五顏六色邊際。

　　2、球差

　　球差是軸上點的單色相差，是因為透鏡的球形表面形成的。球差形成的結果是，一個點成像后，不在是個亮點，而是一個中間亮邊際逐步含糊的亮斑，然后影響成像質量。

　　球差的糾正常使用透鏡組合來消除，因為凸、凹透鏡的球差是相反的，可選配不同材料的凸凹透鏡膠合起來給予消除。舊型號顯微鏡，物鏡的球差沒有徹底糾正，應與相應的補償目鏡配合，才干到達糾正效果。一般新型顯微鏡的球差徹底由物鏡消除。

　　3、慧差

　　慧差屬軸外點的單色像差。軸外物點以大孔徑光束成像時，發出的光束經過透鏡后，不再相交一點，則一光點的像便會得到一逗點狀，型如慧星，故稱“慧差”。

　　4、像散

　　像散也是影響明晰度的軸外點單色像差。當視場很大時，邊際上的物點離光軸遠，光束歪斜大，經透鏡后則引起像散。像散使原來的物點在成像后變成兩個別離并且相互垂直的短線，在理想像平面上綜合后，形成一個橢圓形的斑駁。像散是經過雜亂的透鏡組合來消除。

　　5、場曲

　　場曲又稱“像場曲折”。當透鏡存在場曲時，整個光束的交點不與理想像點重合，雖然在每個特定點都能得到明晰的像點，但整個像平面則是一個曲面。這樣在鏡檢時不能同時看清整個像面，給觀察和照相形成困難。因而研討用顯微鏡的物鏡一般都是平場物鏡，這種物鏡現已糾正了場曲。

　　6、畸變

　　前面所說各種像差除場曲外，都影響像的明晰度?；兪橇硪环N性質的像差，光束的同心性不受到破壞。因而，不影響像的明晰度，但使像與原物體比，在形狀上形成失真。